Bettina Auer, geboren in Heidelberg, lebt in Berlin. Sie studierte Musiktheater-Regie sowie Musikwissenschaften und Germanistik in Hamburg und Berlin. Neben festen Engagements als Musikdramaturgin bzw. Chef-Dramaturgin an den Theatern in Bern, Darmstadt, Basel und an der Komischen Oper Berlin betreute sie Inszenierungen und Projekte in Schauspiel und Tanz, wobei sie zahlreiche Uraufführungen konzeptionell mitentwickelte. In dieser Zeit gastierte sie auch am Opernhaus Zürich, am Burgtheater Wien, an der Deutschen Oper Berlin, der Vlaamse Oper Antwerpen, beim Israel Festival in Jerusalem, Lucerne Festival, den Salzburger Festspielen und am Schauspiel Köln.
Seit 2009 verbindet Bettina Auer eine enge Zusammenarbeit mit Calixto Bieito. Darüber hinaus war sie Partnerin zahlreicher Regisseurinnen und Regisseure, unter ihnen Stefan Bachmann, Karin Beier, Tatjana Gürbaca, Claus Guth, Jasmina Hadziahmetović, Barbora Horáková Joly, Barrie Kosky, Hans Neuenfels, Stefan Pucher, Corinna von Rad, Nicolas Stemann und Michael Thalheimer.
Seit 2012 arbeitet sie freischaffend als Produktionsdramaturgin u. a. an der Oper Amsterdam (Armide), am Teatro Argentino (Pepita Jiménez), Teatros Canal Madrid, an der Vlaamse Oper Antwerpen (Lady Macbeth von Mzensk, Parsifal, Tannhäuser, Der fliegende Holländer, Macbeth), bei den Salzburger Festspielen (Iphigénie en Tauride, Mozart-Trilogie), bei den Berliner Philharmonikern, am Nationaltheater Oslo (Traumspiel), Theater an der Wien (Ring-Trilogie, Elias, La Wally), an der Oper Oslo (Hoffmanns Erzählungen, La traviata, Tosca), der Wiener Staatsoper (Rigoletto), der Bayerischen Staatsoper (Der feurige Engel), am Teatro Arriaga in Bilbao (Johannespassion), an der Hamburgischen Staatsoper (Falstaff), der Staatsoper Unter den Linden (Lohengrin, Aida), am Residenztheater München (Dekalog), Grand Théâtre de Genève (Jenufa), an der Deutschen Oper am Rhein (Katja Kabanova, Parsifal) und der Opéra national de Paris (Lear).
Bettina Auer war Gastdozentin an diversen Hochschulen in Frankfurt, Heidelberg, Leipzig, Berlin und Dresden. Zurzeit unterrichtet sie auch im Bühnenbild-Studiengang der TU Berlin.
An der Hochschule für Musik »Hanns Eisler« lehrt sie seit vielen Jahren und wurde kürzlich zur Honorarprofessorin ernannt.